As delações da JBS revelam indícios de esquemas de pagamento de propina para liberação de créditos tributários em favor da empresa não apenas nos Estados, mas também na União. O delator Valdir Boni, diretor de tributos da JBS, contou que a empresa pagou em torno de R$ 160 milhões em propina para facilitar a homologação de créditos tributários federais. Esse esquema teria durado até este ano e começado em 2004. Segundo o delator, nesse período, a empresa conseguiu a liberação de mais de R$ 2 bilhões.
A recuperação de créditos tributários pelas empresas junto à Receita Federal é um direito previsto pela legislação. As corporações costumam reclamar, no entanto, que o Fisco demora para liberar esses créditos, tanto nos casos de compensação (quando um tributo pago a mais é usado para abater outro imposto) ou de restituição (quando a Receita devolve o dinheiro para o contribuinte).
Na delação, Boni narra que, em 2003, foi apresentado a duas pessoas: Davi Mariano e Antônio Miranda. Segundo o delator, eles prometiam agilizar a liberação dos créditos em favor da empresa junto à Receita Federal em São Paulo. O dono da JBS, Joesley Batista, teria concordado em pagar 8% sobre o valor dos créditos liberados. Boni afirma que os dois homens citados não trabalham no Fisco, mas conseguiram agilizar a liberação dos pagamentos. Esse trabalho teria começado em 2004 e seguiu até neste ano.